全剧通过乾隆的三次微服出巡，描述了在探访民情、整治贪顽的过程中，风流皇帝邂逅三位民间女子的爱情传奇故事。在历代的中国皇帝中，乾隆是民间传奇最多的一位皇帝。而《戏说乾隆》则是在规模上最大的一次写乾隆，在内容上最多的一次介绍乾隆，不仅写了他的爱情，还包括他的政务，他的武功，他的得意与失落。
南除霸：
乾隆借上朝之机，巧妙洞悉了朝廷的贪赃腐败，决计以“四爷”身份微服私访下江南。途中遇目无王法官霸，欲法办之却寡不敌众。危难之际得盐帮帮主程淮秀相助。渔家女小鱼儿驾船送他们直下苏州。在苏州四爷砸了盐。漕总督索拉旺开的“红袖招”，索拉旺借机挑起盐、漕纷争。乾隆化解盐、漕矛盾。生擒索拉旺。程淮秀却在这时决然而去。
西滇风云：
乾隆再次以“四爷”身份去往承德避暑山庄。散心之余秘密调查苗族刺客的来历。途中邂逅被朝廷赐死的前督抚之女，侠客沈芳。沈芳本欲向乾隆讨还血债，却与“四爷”一行人结下深厚感情。与此同时，怒江大法师隋县派出三个杀手意欲刺杀乾隆。乾隆从中了解到云南怒族官逼民反的情况，远赴云南。一番恶战肃清了策反朝廷的喇嘛头目隋昙，却也让沈芳知道了他的真实身份。
宫帏情变：
乾隆圣寿将至，江南敬献上等刺绣，却遭太行山绿林好汉岑九盗劫，并赠于江南刺绣女金无箴。